结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)是一种重要的全球性致病菌,导致的结核病是一个高致死率的疾病。其标准株H37Rv于1998年完成了基因组测序,基因组大小约为44Mb,包含超过3900个蛋白编码基因。结核分枝杆菌被分为7个主要的谱系,目前已知的耐药基因包括embB、rpoB和gyrA等。
在2023年10月17日,世界卫生组织(WHO)在其官网发布了《应用新一代测序检测技术开展耐药结核病监测的实施性手册》。WHO认为新一代测序(NGS)能够提供全面的耐药谱系检测,减少对表型药敏检测的依赖,尤其对于那些表型药敏检测结果不可靠的药物,这一点尤为重要。NGS技术有望通过提供更为详细的耐药谱检测,为结核病的治疗方案制定带来更大的精准性。
然而,由于结核杆菌基因组较为庞大,目前的靶向结核NGS方法(tNGS)大多无法覆盖全部亚型和耐药基因。尽管全基因组测序(WGS)可以覆盖整个基因组,但通常需要培养物以确保检测的可靠性。为了克服这一问题,QIAGEN推出了尊龙凯时的QIAseq xHYB Mycobacterium Tuberculosis Panel,该试剂盒能够在无需培养的情况下直接实现结核全基因组的靶向建库,同时覆盖7种主要谱系亚型和所有已知的耐药基因。
QIAseq xHYB Mycobacterium Tuberculosis Panel基于杂交捕获技术,支持来自痰液、脑脊液和粪便等样本的结核全基因组测序,仅需10ng的起始DNA,无需提前培养。其高特异性和灵敏度的捕获探针能够在低拷贝样本中实现基因组的高覆盖,难以覆盖的PE/PPE基因区域也能够实现均匀的高深度覆盖,确保结核病的精准分型。
获取TB的全基因组数据后,研究人员可使用CLC Genomics Workbench的结核分枝杆菌分析工具和流程,一键完成质量控制、序列比对、谱系鉴定及耐药变异分析。此外,还可以进行变异注释与比较、评估变异对蛋白结构的影响、进行cgMLST分型,以及最小生成树和SNP tree的构建等深入分析。
除了QIAseq xHYB Mycobacterium Tuberculosis Panel,QIAGEN还推出了QIAseq xHYB HepC Panel,用于丙肝病毒的全基因组靶向测序,涵盖了丙肝病毒的所有亚型,并可无缝对接至CLC Genomics Workbench生物信息分析系统,一键获得分析结果。未来,QIAseq xHYB还将推出针对客户目标微生物的定制化靶向Panel,敬请期待!如需了解更多信息,请扫描下方二维码联系我们。